Le Conseil de l’Instance peut créer auprès de lui toute commission permanente ou ad hoc en vue de l’assister dans l'accomplissement de ses missions. La composition et les attributions de ces commissions sont fixées par décision du Conseil.

Ainsi, et en vertu d’une décision du Conseil de l’Instance prise lors de sa 3ème session tenue en date du 16 décembre 2022, cinq commissions permanentes ont été créées :

Cette décision du Conseil a défini également les mécanismes et méthodes de gestion des relations de ces commissions avec les structures administratives de l’Instance, de manière à assurer une communication efficace avec elles et à leur permettre de disposer des données et informations nécessaires à l'accomplissement de leurs missions thématiques. A cet égard, l'ensemble des productions de l’Instance, notamment les rapports, les publications, les études, ainsi que toutes les données dont elle dispose, ont été mises à la disposition des commissions.

Les travaux des commissions se sont focalisés, dans un premier temps, sur l’examen et la discussion d'un ensemble de thèmes, dont notamment le Portail National de l’Intégrité, la veille stratégique, l'évaluation de la stratégie nationale de lutte contre la corruption, les aspects liés à l'éducation, à la formation et à l'interaction avec les citoyens, l'avis de l’Instance relatif au projet de loi de la procédure pénale et son avis relatif au système de déclaration obligatoire du patrimoine