علاوة على مهام الرئاسة المتعارف عليها، والمتمثلة أساسا في التمتع بالسلط والصلاحيات الضرورية لإدارة وتسيير شؤون الهيئة وضمان حسن سيرها، والتمثيل القانوني لها، والحديث الرسمي باسمها، ورئاسة مجلسها ولجنتها الدائمة المكونة من الرئيس ونوابه، يضطلع الرئيس بالصلاحيات التالية، المخولة له حصريا:

• تلقي التبليغات والشكايات الموجهة إلى الهيئة. إخبار المبلغين والمشتكين بمآل تبليغاتهم وشكاياتهم.

• إرشاد المبلغين والمشتكين إلى الجهات المعنية بتبليغاتهم وشكاياتهم، في حالة عدم الاختصاص. إعطاء الأمر بإجراء التدخل الفوري، وإشعار النيابة العامة المختصة بالمحضر المنجز بشأنه.

• إعطاء الأمر بإجراء الأبحاث والتحريات وتعيين المأمورين المكلفين بها.

• مكاتبة النيابة العامة المختصة بشأن حضور ضباط الشرطة القضائية للمشاركة في إنجاز التحريات إلى جانب مأموري الهيئة، عند الاقتضاء.

• التقدم بالتماس، باسم الهيئة، من أجل تسخير القوة العمومية، من النيابة العامة المختصة، لمؤازرة مأموري الهيئة.

• مراسلة الجهات المعنية قصد موافاة الهيئة بالمعلومات والوثائق التي تطلبها.

• تنحية المأمور واستبداله في حالة ثبوت تجريحه. إحالة المحاضر وملفات القضايا على الجهات المعنية، تفعيلا لقرارات اللجنة الدائمة المكونة من الرئيس ونوابه.

• الإشعار، باسم الهيئة، للوكيل القضائي للمملكة بالقضايا المحالة من طرف الهيئة على القضاء، للانتصاب كطرف مدني.

• مراسلة الجهات المعنية بشأن حالات العرقلة المحتملة.

• الإشراف وتتبع الإجراءات المتعلقة بالتنسيق مع سلطات وهيئات إنفاذ القانون وهيئات المراقبة الأخرى ذات الصلة.

• إطلاع المجلس على مآل الملفات المعروضة على الهيئة.