A chacun des huit axes, les six stratégiques et les deux transverses, ont été associés des objectifs opérationnels, au nombre total de 37, et qui sont portés par l’ensemble des programmes et projets définis, initiés ou programmés par l’Instance.

Ces programmes et projets sont dans la majorité des cas, à caractère fondamental et structurant, conditionnant d’autres projets, ou nécessaires pour la montée en charge, et ne relevant pas d'actions courantes ou d'opérations de routine.

Ainsi, l'Instance a mis en place un plan d'actions global intégré, issu et en parfait alignement avec sa stratégie, assurant plus de visibilité sur le moyen terme et une planification détaillée sur le court terme.

Annuellement, l’Instance procède à une planification à travers une sélection en trois temps : 1/ en fonction de l’avancement dans l’exécution du plan d’action global et 2/ sur la base d’une appréciation de la priorité, de l’impact escompté, de la dépendance entre projets, et 3/ selon la disponibilité des ressources (existantes ou planifiées).

Ainsi, le portefeuille annuel est obtenu selon la démarche illustrée ci-dessous :

La construction du plan d’actions global, ensuite le portefeuille annuel, à partir i) des axes stratégiques, en passant par ii) les objectifs opérationnels jusqu’à iii) la définition des projets, a été menée de manière participative par toutes les équipes de l'Instance, afin de favoriser l'appropriation et l'engagement, tout en veillant à poursuivre les réalisations et les productions et réussir la montée en charge que connaît l’Instance. 

Cette démarche, permettant de garantir l'alignement stratégique des projets par rapport à la stratégie de l'Instance, peut être illustrée comme suit :