انطلاقا من رؤيتها وأهدافها العامة، أعدت الهيئة خطة عملها الاستراتيجية التي ترتكز على ستة محاور أساسية مترابطة فيما بينها، كما هو موضح في الرسم البياني الآتي:

وعلاوة على هذه المحاور الستة، حددت الهيئة محورين عرضانيين لدعم وظائفها ولتقوية قدراتها فيما يتعلق بمجالات تدخلاتها. ويتعلق الأمر :

بمحور عرضاني أول ذي الصلة بنظم المعلومات والابتكار والبحث والتطوير،

ومحور عرضاني ثان يهم التنظيم والإنجاز وبناء القدرات.

المحور العرضاني ذي الصلة بنظم المعلومات والابتكار والبحث والتطوير،

المحور العرضاني الذي يهم التنظيم والتنفيذ وبناء القدرات.