حددت اللجنة التنفيذية، التي تشتغل في إطار التنسيق والتكامل مع اللجان الدائمة، مهامها ذات الأولوية، وكذلك المهام التي فوضها رئيس الهيئة لكل واحد من نوابه الثلاثة:

• محور يشمل (1) دراسة واقتراح سبل تعزيز النظام المؤسساتي الوطني في مجال تدقيق ومراقبة التدبير العمومي، (2) والسهر على تطوير وتفعيل مقاربة تهدف لتشبيك عمل المرصد وتعزيز الشراكة في هذا المجال

• محور يشمل (1) الإشراف على تطوير وتتبع المنهجية المتعلقة باليقظة القانونية وتفعيلها كآلية أساسية في بلورة التوصيات والتوجهات المقترحة من طرف الهيئة، (2) وتتبع دراسة سبل ملاءمة التشريعات الوطنية والنظم المؤسساتية مع الاتفاقيات والمعاهدات والالتزامات الدولية للمملكة في مجال الوقاية من الفساد ومكافحته، (3) والإسهام في ورش إعداد استراتيجية وطنية مندمجة تربوية واجتماعية للنهوض بقيم النزاهة، ومواكبة هذا الورش

• محور يشمل (1) مواكبة هيكلة جهاز المأمورين على مستوى استكمال تنظيم عمل هذا الجهاز وتدقيق القواعد والإجراءات التي تؤطر تدخلاته، (2) وتطوير آليات التنسيق والتعاون مع السلطات والمؤسسات المعنية بمجال البحوث والتحريات التي يقوم به جهاز المأمورين، (3) ومواكبة والإسهام في تطوير مقاربات وآليات تحديد المخاطر وتقنيات الكشف عن أفعال الفساد